Da tutti i siti rappresentativi di prati e pascoli secchi, paludi e zone golenali di importanza nazionale, è stato selezionato un sottoinsieme di circa 800 siti. Ogni sei anni, in questi siti vengono condotte indagini dettagliate sulla vegetazione. Gli indicatori calcolati a partire dai dati raccolti consentono di monitorare e valutare l'evoluzione di questi biotopi.
In ogni tipo di biotopo di importanza nazionale è stato selezionato un certo numero di siti, e in ognuno di questi siti la vegetazione è stata campionata. Per garantire una rappresentazione più equilibrata dei tipi di vegetazione, i tipi di vegetazione rari hanno avuto una maggiore probabilità di essere inclusi nel campione rispetto a quelli più comuni (campionamento casuale ponderato). Il campione include circa 400 prati e pascoli secchi, 260 torbiere e paludi, e 125 zone golenali di importanza nazionale. In questi siti sono state posizionate oltre 7.000 aree circolari permanenti di 10 m², dove tutte le piante vascolari vengono rilevate ogni sei anni. Inoltre, nelle zone golenali, arbusti e alberi sono esaminati su una superficie aggiuntiva di 200 m². Nelle torbiere e paludi, anche i muschi che crescono sul terreno sono rilevati.
I dati raccolti consentono di trarre conclusioni sui cambiamenti ecologici e le loro cause (come l'eutrofizzazione, l'intensificazione/estensione dello sfruttamento, l'infestazione da cespugli) per l’intera Svizzera e ogni sua regione biogeografica. In linea con la Direzione dello sviluppo e della cooperazione (DSC), la vegetazione viene rilevata anche in altri programmi federali come il monitoraggio della biodiversità in Svizzera (BDM) e il monitoraggio Specie e habitat nell’agricoltura (ALL-EMA). Questi tre programmi di monitoraggio sono complementari. Mentre il MBD si concentra su un campione casuale del "paesaggio normale" e l'ALL-EMA copre le superfici agricole, il WBS si focalizza sui tipi di vegetazione rari nelle zone protette: dalle steppe aride delle valli alpine, ai tipi di vegetazione mesofila, alle zone umide come le foreste alluvionali, le paludi e le torbiere. Pertanto, l'intero gradiente ecologico e di intensità di utilizzo del suolo dei vari tipi di habitat in Svizzera è coperto dai tre programmi di monitoraggio, consentendo valutazioni sintetiche di ampio interesse sociale e politico.
I dati floristici del WBS sono messi a disposizione dei centri dati nazionali Info Flora e Swiss Bryophytes e sono quindi accessibili ad altri progetti nazionali, come la revisione delle Liste rosse. Inoltre, per questioni scientifiche o progetti cantonali, i dati sono disponibili su richiesta.